Recherche du parasite Tetracapsuloides bryosalmonae et de son hôte principal le bryozoaire Fredericella sultana par détection d’ADN environnemental (FD Savoie, Juillet 2023)
Projet en cours
Contexte et objectif
La Fédération de pêche de Savoie souhaite appréhender le risque pour ses populations de truite fario de développer la maladie rénale proliférative . Ainsi, cette étude se propose d’identifier la potentielle répartition du parasite T. bryosalmonae et de son hôte bryozoaire F. sultana, indispensable à son cycle, sur les bassins versants de la Leysse et du Sierroz.
Méthodologie
Afin de maximiser les chances de détecter les signaux ADNe potentiellement relargués par T. bryosalmonae et F. sultana dans des échantillons environnementaux, potentiellement présents en très faible quantité (taille de l’espèce, distribution sporadique, dilution rapide du signal dans l’eau), l’approche de détection ciblée d’ADN par dPCR (Digital PCR) a été privilégiée.
Les stations échantillonnées ont été sélectionnées la FDAAPPMA 73, avec au total 12 stations, dont 4 sur le bassin du Sierroz, et 8 sur le bassin de la Leysse. Sur chaque station, les prélèvements d’eau par filtration ont été réalisés en triplicas pour la détection d’ADNe du parasite T. bryosalmonae et du bryozoaire F. sultana. En plus de ces deux espèces, un témoin environnemental est amplifié pour attester la bonne réalisation des opérations, ici la truite fario, Salmo trutta, censée être présente sur tous les sites échantillonnés.
Filtration de l’eau de la Leysse à la seringue sur Sterivex.
Sterivex et sa solution de préservation, prêt à être traité au laboratoire pour extraction de l’ADN total puis amplification spécifique des espèces cibles par dPCR.
Principaux résultats
Cartographie de la distribution de la truite fario Salmo trutta, du bryozoaire Fredericella sultana et du parasite Tetracapsuloides bryosalmonae (aucune détection) selon leur détection par recherche d’ADNe en ddPCR sur les 12 stations échantillonnées. Chaque tiers de cercle correspond à une espèce, et sa taille correspond à l’ampleur de la concentration d’ADNe détectée (échelle logarithmique). Fond de carte : ©OpenStreetMap
L’ADN de la truite fario a été détecté en quantité conséquente sur l’ensemble des stations, sauf sur l’Hyère. Sur cette dernière, un seul des trois réplicas était très faiblement positif. Ce résultat peut s’expliquer par la température relevée sur site au moment du prélèvement (30,8°C) ; bien au-dessus de l’optimum thermique de la truite fario. Ce témoin environnemental permet, en plus des témoins positifs et négatifs, de valider l’échantillonnage et l’efficacité de la détection du signal ADNe.
Le signal ADNe du bryozoaire F. sultana a été détecté sur 4 des 12 stations échantillonnées, toutes situées sur le bassin versant de la Leysse. L’absence de détection du bryozoaire sur LEYS261, alors qu’un fort signal est détecté 3km à l’amont sur ALBA279 suggère une détection localisée du signal émis par cette espèce même sur des systèmes courants.
Aucun signal ADNe de T. bryosalmonae n’a été détecté sur l’ensemble des 12 stations prospectées, ce qui suggère que le parasite n’est pas présent à l’amont des stations échantillonnées.
Bien que le parasite T. bryosalmonae n’ait pas été détecté, les sites positifs à F. sultana sont favorables à son développement et lui permettrait d’y boucler son cycle s’il venait à y être introduit. Les populations de truite fario occupant ces sites risqueraient alors le développement d’une épidémie de MRP, les températures relevées au moment de l’échantillonnage étant toutes > 15°C. Une étude spatialisée à une échelle plus fine et plus tard dans la saison estivale pourrait permettre d’identifier plus précisément les zones où les colonies de bryozoaire se développent, et d’augmenter le niveau de confiance dans l’absence de détection du signal du parasite T. bryosalmonae.
Maître d’ouvrage
