Contexte et objectifs
Le monitoring des populations de truites de l’Allondon réalisé depuis 2000 met en évidence des densités relativement faibles : pour la truite en 2017, le stock d’individus âgés de 2 ans et plus a été estimé à 600 individus sur l’ensemble du linéaire genevois et limitrophe (environ 10 km) ; A la demande de l’Office Cantonal de l’Eau, une étude diagnostic globale a été entreprise entre 2017 et 2022 comprenant :
- une synthèse des données environnementales et biologiques disponibles (qualité chimique, température, toxiques,…)
- L’étude de la structure en âge et croissance de la population par scalimétrie en lien avec la réglementation pêche (taille légale de capture)
- Une recherche sur la prévalence de l’infection par la maladie rénale proliférative (MRP, PKD)
- Un état des lieux génétique de le population (souche native et introduite, diversité génétique, structure et différenciation, nombre de géniteurs efficaces)
- Une évaluation de la contribution des repeuplements provenant de la pisciculture de Thoiry par assignation parentale.
Cette fiche projet présente ce dernier volet.
Méthodes de suivi
Des prélèvements de tissu (morceau de nageoire) ont été réalisés sur :
- des 0+ issus de la pisciculture de Thoiry avant mise à l’eau dans l’Allondon : avril 2018 et mai 2018 (n=100);
- L’ensemble des géniteurs de la pisciculture de Thoiry, utilisés pour produire les 0+ destinés à l’alevinage 2018 de l’Allondon (novembre 2017) (n=230) ;
- des truites 0+ capturées par pêches électriques en 2018 sur 3 stations de l’Allondon : Moulin Fabry, les Granges, les Iles (n=128).
Au total, 458 individus ont été prélevés.
Après extraction et amplification de l’ADN, chaque individu a été génotypé au niveau de 15 marqueurs microsatellites.
Dans la mesure où l’intégralité des géniteurs utilisés pour la production des juvéniles destinés au repeuplement a été prélevée fin 2017 à la pisciculture de Thoiry, il a été possible de rechercher l’assignation parentale des 0+ capturés dans l’Allondon en 2018. Cette analyse a été réalisée à l’aide du programme Papa (Package for the Analysis of Parental Allocation ; Duchesne et al., 2002) en utilisant une combinaison robuste de 13 marqueurs parmi les 15 génotypés. Une étape préalable de calibration a consisté à vérifier l’assignation parentale des 0+ issus de la pisciculture de Thoiry en 2018 (100 individus prélevés). Après avoir affiné les seuils d’erreur et validé l’approche, tous les 0+ capturés en 2018 dans l’Allondon ont fait l’objet d’une recherche de parenté. Les descendants des géniteurs de la pisciculture ont ainsi pu être identifiés ; à l’inverse les individus dont les parents n’ont pas été identifiés, ont été considérés comme issus du recrutement naturel.
Principaux résultats
La recherche de parenté des 0+ issus de la pisciculture et prélevés en avril et mai 2018 a montré que 97 individus sur les 100 étaient assignés à des géniteurs de la pisciculture. Les 3% d’individus qui n’ont pas réussi à être assignés s’expliquent par des données de génotypage manquantes sur certains locus. Nous pouvons donc considérer que le modèle d’assignation est très robuste avec un taux d’erreur < 3%.
Les résultats indiquent que 11.7% (IC95% : 6.9-18.9) des 128 0+ capturés dans l’Allondon peuvent être assignés à des géniteurs de la pisciculture. L’analyse détaillée confirme en outre l’absence de différences entre les 3 prélèvements réalisés sur la station de Moulin Fabry en juillet, août et octobre (Fisher exact test, p>0.05), et l’absence de différences spatiales entre les 3 stations (Fisher exact test, p>0.05).
