Evaluation de l’empreinte génétique et de l’efficacité des repeuplements sur la Gervanne dans le département de la Drôme
Contexte et objectifs
La Fédération de la Drôme pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique a initié en 2018 une étude visant à l’amélioration de ses connaissances sur la croissance et la génétique des populations de truites de plusieurs rivières du département. L’outil génétique a notamment été utilisé pour évaluer l’efficacité des repeuplements encore pratiqués sur la Gervanne.
La Gervanne est un cours d’eau accueillant différentes modalités de gestion avec une gestion patrimoniale en amont et un secteur en gestion raisonnée sur l’aval, avec des déversements d’alevins de truite fario provenant de la pisciculture Fédérale du Puy-de-Dôme (Besse et saint Anastaise). Historiquement sur ce cours d’eau a été réalisé une étude génétique en 1998 (P. Berrebi). Une population de souche « atlantique » avait été identifiée sur l’amont, et une population de souche « méditerranéenne » sur l’aval. De ce fait, le taux d’introgression actuel sera étudié sur ce cours d’eau pour voir l’évolution au niveau génétique, ainsi que l’effet de l’alevinage sur la partie aval.
Méthodologie
Des échantillonnages sur les populations naturelles de la Gervanne ont été réalisé par pêche électrique par la FDPPMA26 en 2019. Sur chaque station, une trentaine d’individus a été recherché aléatoirement dans une large gamme de taille en excluant les juvéniles de l’année (0+) afin d’éviter de prélever des individus issus d’un nombre restreint de famille. Les échantillons sont donc composés d’individus ≥ 1+ représentatifs de la population en place. Le prélèvement a consisté à couper un petit morceau de nageoire pelvienne qui a été stocké dans l’éthanol 96°.
En complément, 50 individus ont également été échantillonnés pour caractériser les deux origines utilisées actuellement pour les repeuplements à savoir les piscicultures de Besse (Pisciculture fédérale du Puy-de-Dôme) et de Cauterets. En plus des deux piscicultures échantillonnées pour cette étude (Besse et Cauterets), les génotypages de deux autres stocks de pisciculture déjà disponibles ont été utilisées dans certaines analyses comparatives pour étudier les empreintes d’autres repeuplements plus anciens : une souche domestique ATL historique servant de référence pour les repeuplements traditionnels, une souche de pisciculture dite rhodanienne hybridée (Chazey-Bons) quelques fois utilisées pour des repeuplements.
Localisation des stations étudiées sur la Gervanne
L’ADN de tous les individus a été extrait et chaque individu a été génotypé au niveau de 192 marqueurs SNPs. Parmi ce jeu de SNPs, sept marqueurs diagnostics ont été utilisés pour évaluer l’origine génétique des individus et des populations (Guyomard, données non publiées). Ces marqueurs sont dits diagnostics car la présence d’un nucléotide peut être rattachée sans ambiguïtés à la lignée atlantique domestique (non native) ou à la lignée méditerranéenne (native).
Divers traitements statistiques ont été réalisés pour évaluer l’empreinte historique des repeuplements passés et l’efficacité des repeuplements actuels.
Principaux résultats
Evolution de l’introgression depuis 1997 :
Sur les deux secteurs étudiés entre 1997 (Berrebi 1998) et 2019 (Caudron et al. 2023) soit en 20 ans, le taux d’introgression a peu évolué. Il est resté stable à 25% sur GER-05 et est passé de 10% à 15% sur GER-09.
Intégration des données d’introgression historiques de 1997 dans les résultats actuels
Evaluation de l’empreinte génétique des repeuplements :
Une première série d’analyses hiérarchiques permettant de comparer les 9 stations « rivière » à différents stocks de piscicultures utilisés pour pratiquer les repeuplements ces dernières décennies montre que :
- Les trois souches ATL domestiques s’écartent des échantillons « rivière » ;
- La station GER-01 introgressée à 69% se place logiquement en position intermédiaire entre les échantillons « rivière » et les piscicultures ATL domestiques.
- Le stock Chazey Rhodanienne, introgressé à 53%, se positionne par rapport aux autres échantillons en relation avec son taux d’introgression mais présente des génotypes qui se distinguent nettement des échantillons « rivière ».
- Enfin, la pisciculture de Besse (Couze), utilisée actuellement pour les repeuplements sur le tronçon aval GER-07, se distingue de l’ensemble des échantillons « rivière » hormis pour quelques individus de GER-07 et 08 qui s’écartent de leur centroïde.
Analyse Discriminante des Composantes Principales réalisées avec les échantillons « rivière » et différentes combinaisons de stocks utilisés pour les repeuplements.
Contribution des repeuplements récents sur la partie aval :
L’analyse de la structure génétique avec deux clusters identifie clairement un cluster pisciculture de Besse (Couze) (rouge) et un cluster regroupant les individus naturels (vert). Ainsi les individus des échantillons « rivière » qui sont issus des repeuplements récents sont facilement détectable car ils présentent une probabilité proche de 1 d’être assignés au cluster rouge.
Sur GER-07, seulement 3 individus sur 29 sont assignés à la pisciculture et proviennent donc des repeuplements, indiquant que le recrutement naturel fournit une contribution majoritaire (90%).
Sur GER-08, un seul individu sur 30 provient des repeuplements et aucun individu assigné à la pisciculture n’a été trouvé sur GER-04, GER-06 et GER-09.
Assignation des individus à deux clusters génétiques : rouge = pisciculture, vert = naturel. Chaque individu est réprésenté par une barre verticale colorée. Les barres verticales colorées représentent les probabilités de chaque individu d’être membre des clusters.