Les avancées constantes dans les techniques de biologie moléculaires utilisant l’ADN environnemental permettent de développer et de proposer régulièrement de nouvelles approches pour améliorer les diagnostics et les connaissances sur la répartition et l’écologie des espèces. Nous avons créé en 2023 un pôle commun SCIMABIO Interface / FISH-PASS sur l’ADNe appliqué à l’écologie fonctionnelle des milieux aquatiques pour accompagner les gestionnaires dans l’utilisation de ces nouvelles méthodes. Ce pôle constitue un service de R&D opérationnel permettant de mettre au point puis de proposer en prestation de nouvelles méthodes qui répondent aux préoccupations des gestionnaires.
Nous proposons des prestations sur mesure de recherche d’ADN spécifique ciblée sur des espèces d’intérêt à partir de différentes matrices (eau, biofilm, sédiment). Nos approches reposent sur l’utilisation des techniques récentes de qPCR et ddPCR qui permettent de mesurer plus finement la quantité d’ADN libérée par une espèce ce qui ouvre des nouvelles applications en termes de suivi d’espèces peu abondantes.
Les applications possibles sont nombreuses : phénologie de la reproduction d’une espèce, mise en évidence d’une occupation ponctuelle d’un habitat ou d’un type de milieu par une espèce particulière, répartition spatiale d’une espèce menacée, front de colonisation d’espèces migratrices, origine et traçabilité de pollution par suivi de bactéries spécifiques,…